1954年，小金县医院设置防疫股。1956年成立县卫生防疫组，人员4人，设组长1人，办公室地址设在县医院内。1975年，卫生防疫组扩建为县卫生防疫站，2003年10月按照国家卫生体系建设的要求，撤销原小金县卫生防疫站，组建小金县疾病预防控制中心，2011年8月明确为正科级社会公益性事业单位，核定事业编制40名，经费来源为财政全额拨款，是小金县唯一的县级疾病预防控制机构。2017年5月成功通过阿坝州二级乙等疾控机构评审。2021年11月通过四川省检验检测机构资质认定。中心建有PCR负压实验室、艾滋病初筛P2实验室、结核病P2实验室、微生物洁净实验室、高致病菌P2实验室。配备核酸提取仪、PCR仪，连续流动分析仪、离子色谱仪、ICPMS等200余台件较为先进的检验检测仪器，承担小金县县食品安全、公共场所卫生、饮用水卫生、职业卫生、环境卫生、医院消毒监测及疾病控制监测等工作。